随着计算机硬件的发展和各类分子模拟相关软件的成熟，分子模拟技术在生命科学方面的地位越发重要，学习和使用分子模拟技术对更深入的理解微观过程具有重要意义。

本课程将带领学员深入了解分子模拟基础知识，包括发展历史、基本原理、常规方法和适用场景等，并结合文献详细介绍分子动力学涉及的相关知识，如非键作用的计算、控温控压算法、溶剂模型等。同时，本课程在中后期将结合各类体系（小分子、溶液蛋白、膜蛋白、核酸等）中的丰富实例，带领学员了解和掌握分子模拟的相关程序的使用和常规分析流程，使学员能够顺利、合理地完成各种常见体系的模拟任务，并学会如何对结果进行分析处理来获得对研究工作有用的数据。

本课程主要面向分子模拟初学者，授课深入浅出，涉及的内容十分广泛，对分子模拟(主要面向生物分子相关模拟)的各种细节原理/算法，模拟技术和相关程序的使用方法及注意事项有很系统的讲解，并穿插介绍许多实战中经验和技巧。课程包括模型构造、绘图技巧、分子对接、分子动力学模拟、轨迹结果分析等部分，将详细讲授GROMACS、VMD、xtb、ORCA、Autodock/Vina等程序的使用方法和经验技巧，并结合实例和课后习题提升学员们在实际科研中使用分子模拟技术的能力。

由于课程的难度和连续性，建议选择可以连续学完全程的学生报名

此外，为保证教学质量，不会采用线上形式

上课时间(2023-2024年度)为每周四(暂定)晚6点，1-202会议室(若此会议室占用会预约其他会议室)

预计总计36-40节课，基础论部分约14次课，软件及相关文件讲解约6次课，基础练习2次课，相关辅助软件6次课，模拟专题讲解约8节课，每次约3小时

前三次课结束后，确定继续上课的将被视为上完全程，前三次课内可无损退课

第一次课预计在2023年8月31日(暂定)