科学实验中心隶属于中国科学院杭州医学研究所，面向研究所、附属医院和各研究机构提供专业的分析测试、实验、咨询服务，是支持所内外科研工作的重要公共技术服务部门。科学实验中心下设五个分平台，分别为动物实验平台、生物成像平台、组学研究平台、物质结构平台、分子相互作用平台。目前，本中心已拥有超过100种的科研仪器设备，其中大型科研仪器超过60台，总资产近5亿。未来，这里将发展成为集技术开发、科研支撑、临床服务、产业合作为一体的大型综合性开放平台。
动物实验平台
现建有符合国家标准的SPF级实验动物设施1000 m2，主要用于大小鼠饲养和实验。平台拥有小鼠笼位1260个、大鼠笼位126个，配备了小动物核磁共振成像系统、活体成像系统、近红外二区成像、光声成像、活体共聚焦、光片扫描成像、多光子共聚焦、血细胞分析仪、生化仪、冷冻切片机、组织脱水机、染封一体机、全自动扫片机等各类动物相关实验所需的仪器设备。
未来，本平台将建立符合AAALAC、GLP和ABSL2标准的实验动物饲养设施，构建基因工程动物资源及其生物学数据共享平台，为生命科学研究和生物医药产业提供重要基础支撑条件。
生物成像平台
本平台配备高内涵成像系统、超分辨SIM显微镜、双光子共聚焦显微镜、转盘共聚焦显微镜、单分子TIRF成像系统等大型仪器，提供显微成像和图像分析服务；同时配备流式分选、多色流式分析、纳米流式等设备，提供细胞和分子生物学相关技术服务。
组学研究平台
本平台配备高分辨液相质谱联用仪、基质辅助激光解析串联飞行时间质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、聚焦超声波破碎仪、微量热泳动仪、气相质谱仪、液相质谱仪、高效液相色谱仪和IVDR核磁波谱仪等世界先进实验设备，可提供质谱成像、蛋白质组学、新药研发、大分子药物、药物杂质鉴定、代谢组学、天然产物结构分析等服务，为药学、生物化学、临床应用、组学研究等众多学科的研究工作提供有力支撑。
物质结构平台
本平台配备透射电子显微镜、扫描电子显微镜、核磁共振波谱仪、光谱仪、原子力显微镜、磁镊力谱测试系统、光镊荧光共聚焦显微系统等世界先进实验设备，可对材料及生物样品超微结构进行2D/3D高分辨成像，提供样品的微观形貌和成分信息，定性/定量分析样品的晶体结构、力学、摩擦学、电学及磁学等特性，为材料和生物样品的物质结构分析与化学特性研究提供技术支持。
分子相互作用平台
平台配备了世界先进的仪器设备，包括表面等离子共振分子互作系统（SPR）、等温滴定微量热仪（ITC）、生物膜干涉分子互作系统（BLI）、单细胞分选仪、荧光相关光谱（FCS）和生物制药分析系统（CE）。能够为生物、医药、材料、环境和生命科学等多个领域提供专业的技术支持。
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